20 февраля 1920 года в монастырь прибыл новый Наместник - иеромонах Иоанн (Булин). 23 (6) декабря этого же года он был возведен в сан Архимандрита. В 1926 году (12 апреля) хиротонисан во Епископа в соборе Александра Невского в Таллинне (Ревеле). Он возглавлял монастырь до сентября 1932 года.

Епископ Иоанн (Николай Александрович Булин) родился 1 марта 1893 г. в семье рабочего. Предки его были выходцами с Дона. Императрица Елизавета переселила 220 семей с Дона в Ряпино (Эстония) для работы на бумажной фабрике. Эти переселенцы образовали свой собственный посёлок, в котором для них была выстроена православная Церковь во имя святых праведных Захарии и Елизаветы.

Николай Булин окончил Рижскую Духовную Семинарию в 1915 году. В этом же году поступил в Петербургскую Духовную Академию. Был взят на фронт в 1916 году. В 1917 г. по распоряжению Главнокомандующего Крыленко освобожден из армии и вернулся в Академию. В 1918 году на втором курсе Академии Николай Булин был пострижен в монашество с именем Иоанн. Пострижение монаха Иоанна совершил Ректор академии Епископ Анастасий и 12 мая того же года рукоположил его во диакона в академическом храме. 12 августа 1918 года за Божественной Литургией в Свято-Троицком соборе Александро-Невской Лавры рукоположен во иеромонаха. Рукоположение совершал Высокопреосвященнейший Вениамин, Митрополит Петроградский и Гдовский.

В конце 1918 года иеромонах Иоанн вернулся на родину и был назначен Архиепископом Псковским Евсевием в Зачернье приходским священником.

Иеромонах Иоанн оказался энергичным Наместником Псково-Печерского монастыря. Он активно взялся за его восстановление. Положение же обители было очень тяжелым, монастырь почти находился в упадке, был разрушен и доведен до бедственного положения. Хозяйство, которое было единственным источником существования обители, было уничтожено. Земля отобрана, здания пришли в ветхость, крыши текли, стены обвалились. Трапезная использовалась в качестве казармы для роты эстонских войск. Верхний этаж настоятельского дома был отведен под помещение мирового судьи. Мировой судья жил там же. А нижний этаж дома занимала землеустроительная комиссия. Наместник же ютился в небольшой комнате Лазаревского корпуса.

Братии было немного: престарелые монахи, несколько диаконов, послушников - почти весь штат.

Но стараниями Епископа Иоанна всё начало постепенно принимать должный вид. Был произведен капитальный ремонт всех жилых корпусов после выселения мирских жильцов. Трапезная и настоятельский дом были отремонтированы. В 1924 году произведен капитальный ремонт Сретенского храма, а в 1927 году - большой капитальный ремонт Успенского собора. Произведен большой внутренний ремонт в том же Успенском храме. Капитально отремонтирован Михайловский собор внутри. В 1930 году построена новая каменная лестница вместо деревянной - спуск от Михайловского собора вниз к центру монастыря.

В августе 1929 года в Псково-Печерском монастыре проходил Второй съезд РСХД. Настоятель обители Епископ Иоанн был душой собрания, и во многом, благодаря его духовному руководству, съезд, по словам одного из его участников, превратился в "великий взлёт веры и любви... сломал лёд самых холодных душ, сделав верующими неверующих, указал смысл жизни искавшим его и явил ... в своей высшей точке ослепительную истину торжества Православия".


Второй заслугой Епископа Иоанна, кроме приведения в порядок обители, было заступничество его как депутата Эстонского Парламента за русские церкви и за обездоленных в это тяжелое время. Национальных меньшинств в Эстонской Республике было много, но больше всего было русских. Нацменьшинства защищались их государствами: так за немцев выступала Германия, за поляков - Польша, за шведов - Швеция, за русских же некому было заступиться. И Епископ Иоанн взял на себя этот крест защиты обездоленных русских соотечественников и русских церквей. И в этом его величайшая заслуга перед Родиной. В Печорском крае было 32000 русских и ещё 15000 сету, и все они были православными, и при выборах в Парламент голосовали за Епископа Иоанна. И он оправдал их доверие. Когда был вынесен на решение Эстонского Парламента вопрос о закрытии Александра-Невского собора в Таллине, Епископ Иоанн выступил в его защиту. Несмотря на сильный напор сторонников уничтожения православного собора, законопроект отклонили.

7 июля 1923 года Православная Церковь Эстонии вошла в юрисдикцию Константинопольского Патриархата, что противоречило духу христианской любви и попирало общепринятые принципы церковного права. Весьма характерным для внутреннего состояния Православной Церкви в Эстонии во время её пребывания в юрисдикции Константинопольского Патриархата был конфликт, возникший в конце 20-х гг. в связи с имущественным положением Псково-Печерского монастыря. Издревле ценнейшее движимое и недвижимое имущество монастыря являлось его собственностью. Опираясь на закон Эстонской Республики об упразднении сословных имуществ, принятый 12 ноября 1925 г., Синод Православной Церкви в Эстонии в феврале 1928 года потребовал от Настоятеля монастыря Епископа Печерского Иоанна (Булина) зарегистрировать имущество на имя Синода, дабы оно, как заявлялось, не подверглось отчуждению в пользу государства. Епископ Иоанн, братия обители и православное население Печорского края и Эстонии восприняли это как посягательство на монастырскую собственность и выступили против закона.

Состоявшийся в июне 1932 года в Таллине Собор Православной Церкви в Эстонии голосами эстонского большинства его членов вынес решение о переводе Епископа Печерского Иоанна на вакантную с 1927 года Нарвскую кафедру. Вопреки протесту Преосвященного, ему предписывалось покинуть Псково-Печерский монастырь. Епископ Иоанн (Булин) в декабре 1932 года был уволен на покой и запрещен в священнослужении.

Когда в 1940 году Эстония вошла в состав СССР, 18 октября его арестовали, а 8 апреля 1941 года Ленинградский областной суд по статье 58-4 УК РСФСР приговорил Епископа Иоанна к высшей мере наказания - расстрелу. Приговор был приведён в исполнение 30-го июля 1941 года в городе Ленинграде. 22 апреля 1992 года Епископ Иоанн был реабилитирован.